Sous les voûtes de 27 mètres de hauteur, cherchez le dernier pilier sud : une dalle marque l'emplacement du cœur enseveli de Charles VIII. Dans le chœur, la petite Vierge de Cléry, copie du XVIe siècle.
Cet imposant édifice gothique, rendu d'autant plus impressionnant par la modestie du village, constitue un double lieu de recueillement. D'abord auprès d'une statue de la Vierge millénaire – elle fut découverte en 1280 – qui fait l'objet de pèlerinages depuis lors (Cléry étant sur les routes de Compostelle), au point que Philippe Le Bel dut faire ériger ici une collégiale en 1309 pour pouvoir accueillir tous les pèlerins.
Le cénotaphe de marbre du sculpteur orléanais Michel Bourdin représentant Louis XI en prière date de 1622, le monument de bronze initial avait en effet été détruit en 1562 par les troupes du prince de Condé, qui dispersèrent aussi les cendres royales.
Mais la basilique abrite aussi le tombeau d'un des seuls rois de France non enterré à la basilique Saint-Denis. Et quel roi ! Louis XI, ordonnateur de notre État-Nation, fut inhumé ici en 1483. Un hommage s'impose ! D'autant qu'il fut aussi l'initiateur des châteaux de la Loire avec la construction de Langeais, dans les années 1460. On lui doit la refondation de la basilique, pour avoir prononcé le vœu, lors du siège de Dieppe en 1443, de donner son poids en argent pour la reconstruction de Notre-Dame de Cléry s'il prenait la ville aux Anglais sans trop de dommages. Promesse tenue, avec trois travées supplémentaires et une nef en pur gothique flamboyant éclairée de vastes fenêtres. Dans la basilique reste le souvenir des exactions des troupes protestantes du prince de Condé, en 1562, qui détruirent le tombeau de Louis XI. Un témoignage supplémentaire de la violence des guerres de Religion, dont tout le Val de Loire porte les traces.